尿道下裂的手术方式有300多种，但至今尚无一种满意的被广大泌尿外科医师接受的术式。尿道下裂的治愈标准在于尿道口位于阴茎头正位、阴茎下弯完全矫正、阴茎外观接近正常，能站立排尿，成年后能进行正常性生活。手术应在6-18个月进行，以解除家长及患儿的精神压力。手术方式依据有无合并阴茎下弯进行选择。
无阴茎下弯，或经过阴茎背侧白膜紧缩而不需要切断尿道板即能矫正阴茎下弯的尿道下裂治疗方式：
- 阴茎头、冠状沟型：可采用尿道口前移、阴茎头成型术（MAGPI）。
- 冠状沟、冠状沟下型及尿道口位于阴茎体前1/3的患者：可采用尿道口基地翻斗式皮瓣术（Mathieu术）。该术式亦可用于尿道下裂修复手术失败患者。
- 阴茎体、阴茎根部尿道下裂：可采用加盖岛状包皮瓣（Onlay island flap）或Snodgrass尿道成型术。
- 有阴茎下弯的尿道下裂的治疗需横断尿道板矫正阴茎下弯，再用替代物做尿道成型，可采用Duckett横向带蒂包皮皮管尿道成形术、Denis-Browne皮条埋藏法、阴囊中缝岛状皮瓣等。
