尿道下裂的特征性缺陷可能来自下列一个或多个因素:
胎儿睾丸雄激素的产生异常;
发育中外生殖器的靶组织对雄激素的敏感性受限;
由于胎儿睾丸 Leydig细胞的过早退化而引起雄激素刺激的过早终止。
其他可能的原因包括睾酮和双氢睾酮合成不足(5α还原酶缺陷或缺乏)、雄澈素受体质量和数量缺陷。正常生殖器发育中类固醇激素合成十分重要。母亲孕激素暴露在尿道下裂形成中也有一定因素。试管受精产生的男婴(妊娠早期给予黄体酮)尿道下裂的发生率明显增加。尽管环境因素和内分泌干扰等尿道下裂的可能原因引起了重大关注,但是仍然不明确。