1．一般治疗：帮助患儿的家长认识、理解病情，指导其改善患儿生活方式，调整饮食结构和习惯，去除与症状相关的可能发病因素，提高缓解症状的能力。非药物治疗包括认知治疗、调节饮食及改变排便习惯等。失眠、焦虑、抑郁等精神因素是儿童小儿消化不良的一个重要病因，而儿童对反复的腹痛、腹胀等上腹部不适症状的耐受性差，这些症状可能反过来促发和加重患儿的精神症状。近年来认知行为疗法对小儿消化不良患儿的治疗越来越受到重视。
2．药物治疗：根据患儿的临床表现及其与进餐的关系，可选用促动力药、抗酸药和抑酸药，一般疗程2—4周。具体选药原则详见儿童小儿消化不良的诊治流程。治疗无效者可适当延长疗程，并可进一步检查，明确诊断后再进行治疗。有Hp感染者，需行Hp的根除治疗。
3. 肠道益生菌的应用：乳酸杆菌等肠道益生菌的作用除了能抑制肠道病原菌的生长、增强机体免疫功能外，还参与了内源性物质的消化分解，通过增强或降低消化道酶的活性，或产生各种消化酶而促进消化功能。
4．中药治疗：是功能性胃肠病的一种重要治疗方法。中药的作用机制并不完全清楚。
5．精神心理调整：小儿消化不良发病的心理因素已越来越受到重视。医生应该具备足够的同情心、耐心。给予一定的行为治疗、认知治疗或心理干预，可以配合使用一些安慰剂，大部分症状会随着时间的推移而改善。而对抑酸和促动力治疗无效、且伴有明显精神心理障碍的患者，可以请心理科医生协助诊治，适当给予抗焦虑、抗抑郁药，可改善症状。
