小儿血尿病因很多，根据血尿来源分为肾小球性和非肾小球性血尿两大类。
肾小球性血尿：指血尿来源于肾小球。
原发性肾小球肾炎：是小儿血尿最常见的原因。如各种急性、慢性、迁延肾小球肾炎，急进性肾炎，肾病综合征，IgA肾病等。除血尿外，尚伴随有蛋白尿、水肿、高血压及肾功能不全的表现。
继发性肾小球肾炎：常见有乙肝或丙肝病毒相关性肾炎、紫癜性肾炎、狼疮性肾炎、结节性动脉炎、溶血尿毒综合征、感染性心内膜炎性肾炎等。除血尿外，常伴有原发病的临床表现。
家族遗传性肾小球疾病：常见如遗传性肾炎（Alport综合征）、薄基底膜肾病。
单纯性血尿：临床仅表现为持续性或反复性镜下血尿，伴或不伴有发作性肉眼血尿，不伴水肿、高血压、肾功能减退等其他症状。
部分剧烈运动后一过性血尿。
非肾小球性血尿：指血尿来源于肾小管、肾间质或尿路（包括集合系统、输尿管、膀肤和尿道）及全身性疾病。
尿路感染：如肾孟肾炎、肾结核、膀脱炎等。病原除细菌感染外，也可由病毒、支原体、真菌、寄生虫等引起。
泌尿系结石：肾结石、膀胧结石、尿道结石。
特发性高钙尿症。
药物及化学物质：抗生素（如氨基甙类、先锋霉素、青霉素、磺胺药）、乙酰水杨酸、抗凝药物（肝素、双香豆素）、环磷酞胺、保太松、感冒通、苯酚、重金属（汞、砷、铅）等。
血管性病变：胡桃夹现象（左肾静脉压迫综合征）、肾静脉血栓形成、肾动静脉瘘。
尿路畸形：多囊肾、马蹄肾、海绵肾、膀胱憩室、肾积水等。
肿瘤：肾母细胞瘤、肾胚胎瘤、白血病。
创伤：如外伤、手术、器械损伤、尿道异物等。
邻近器官病变：如阑尾炎、盆腔炎等。
全身性疾病：血小板减少性紫癜、血友病、新生儿自然出血症等。
